Povodeň
srpen 2002
Sklepy, přízemí a zvýšené přízemí školní budovy byly zatopeny vodou.
Celé léto pršelo. Hladiny českých řek prudce stoupaly a lidé museli před vodou utíkat ze svých domovů. V pondělí 12. srpna 2002 večer nařídila povodňová komise vyklidit rovněž pražský Karlín a část Libně. V noci od naší školy odjížděly autobusy plné narychlo sbalených občanů. Sirény by probudily i ty nejtvrdší spáče. Tu noc však nikdo nespal. Spát nešel ani pracovník školy, který zůstal v budově jako poslední. Sledoval zvětšující se kaluž v kotelně až do chvíle, kdy se celá kotelna proměnila v bazén plný vody. Byl nejvyšší čas školu opustit.
Ve středu 14. srpna 2002 udeřila povodeň naplno a zaplavila celý Karlín. V ulicích stály tři metry vody, místo aut pluly čluny záchranářů. Věžička školní budovy se tyčila nad zatopeným náměstím jako maják na pustém ostrově. Nebyl to hezký pohled, ale to nejhorší přišlo teprve za tři dny, když voda opadla. Obyvatelům Karlína se naskytl hrůzný polhed na poničené a bahnem páchnoucí město. Některé domy se dokonce zřítily.
Voda zasáhla zhruba čtvrtinu školních prostor. Zcela zničila vybavení mateřské školy, tělocvičnu, knihovnu, sklad učebnic, počítačovou pracovnu, školní družinu... Nenávratnou ztrátou bylo zaplavení školního archivu. Přestože byl večer před povodní vystěhován ze sklepa do zvýšeného přízemí, nestačilo to. Naše celková povodňová škoda byla odhadnuta na 40 miliónů korun! Ne nadarmo se ale říká že v nouzi člověk pozná přítele. A naše škola jich měla hned několil. Díky štědré pomoci mohla být zničená školní budova opravena do stavu ještě lepšího, než v jakém byla před povodní.
Povodeň však měla za následek i úbytek žáků, protože mnohé rodiny se do Karlína již nevrátily. Stejně byly postiženy i obě sousední školy - ZŠ Molákova a ZŠ Pernerova. Městský úřad se proto rozhodl pro sloučení ZŠ Pernerova s naší školou. Začala se tak psát nová kapitola školy na Lyčkově náměstí.